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申请12306账号时显示已注册可能有以下几种原因。
1、您的手机号码或者身份证号码可能之前已经被注册过，由于系统更新或其他原因，这些信息可能已经被重新使用，您可以尝试找回之前注册的账号，或者联系客服寻求帮助。
2、系统出现错误也可能导致误报，在这种情况下，您可以尝试重新注册，如果仍然显示已注册，再寻求客服的帮助。
3、如果您使用他人的账号进行过注册，或者尝试使用第三方软件注册账号并绑定了自己的手机号，也可能出现这种问题，这种情况下，您需要找回或重置密码，或者解除绑定才能成功注册新的账号。
如果您无法解决问题，建议直接联系12306的客服，他们可以为您提供更具体的建议和解决方案。